大蒜素还可通过脂质氧化等作用，改变菌体细胞膜的特性。OGITA等在大蒜素与两性霉素B控制真菌感染的实验中显示，大蒜素能够抑制麦角固醇从质膜向液泡膜转移，从而提高两性霉素B的进攻效率，显著提高两性霉素B的抗菌效果。在另一实验中，OGITA等用多粘菌素B(一种阳离子抗菌多肤)与大蒜素配合使用，研究了它们对多种酵母菌和丝状真菌的抑制实验，结果表明，大蒜素能够提高酵母菌细胞膜的通透性，另外，大蒜素介导的脂质氧化能够加强菌体细胞对多粘菌素B的摄取，提高多粘菌素B的抗菌效果。AN等在实验中也证明了大蒜素介导的氧化损伤，能够有效破坏不同真菌的细胞膜和液泡膜。PEREZ-GIRALDO 则在实验中证明大蒜素能够影响表皮链球菌生物膜的形成。